Fils d’une famille aisée – son père était le directeur de la Banque nationale de Roumelie —, Michel Guerdjikov fit des études primaires et secondaires au lycée français de Plovdiv. C’est là qu’il subit l’influence de plusieurs anarchistes réfugiés dans cette province de Roumélie sous protectorat turc, dont Degabory Mokrievitch un ukrainien évadé des bagnes de Sibérie et le docteur Roussel Soudzilovski tous deux disciples de Bakounine ainsi que la famille Aslan - notamment le frères Alberto et Alfedo - d’origine espagnole. Il fonda au lycée de Plovdiv un petit groupe anarchiste qui lui valu d’être exclu. Inscrit au lycée de Kazanik il y fonda un nouveau groupe avec des lycéens et quelques ouvriers.
En 1897 il partait pour la Suisse pour y faire des études de droit et y fréquenta les milieux révolutionnaires russes, achevant sa formation idéologique anarchiste communiste. Il participa à la fondation de l’organisation Cénacle de Genève destinée à mener la lutte de libération nationale en Macédoine contre les Turcs. Il était alors le directeur du journal Voix du comité clandestin révolutionnaire macédonien et participa au journal Otmachténié (Vengeance Genève, 1898) sous-titré organe des terroristes macédoniens et dirigé par Petar Mandjoukov. Rentré à Bitolia en Macédoine, M. Guerdjikov, sous un faux nom, se fit nommer professeur de français au lycée bulgare et participa à l’organisation révolutionnaire clandestine comme plusieurs dizaines de militants anarchistes. Cet engagement dura jusqu’aux insurrections d’Illiden et de Preobajenié (1903) où dans une partie de la Thrace libérée, il participa aux premiers essais d’instauration du communisme libertaire (Commune de Strandja, Commune de Krouvhevo, etc).
M. Guerdjikov s’occupa ensuite de la propagande libertaire en Bulgarie et en 1907 lança le premier journal véritablement anarchiste en langue bulgare Svobodne Obchtestvo (Société Libre, Sofia, 2 numéros du 15 février et 1er mars). En 1907 il collabora également aux Temps nouveaux de Jean Grave.
Mobilisé pendant la guerre balkanique en 1912 il organisa des milices pour mener la lutte de partisans contre les Turcs. Cette même année 1912 il publiait un nouveau hebdomadaire libertaire Probouda » (Réveil, 7 janvier à 5 septembre 1912).
Il participa en 1919 à l’organisation de la Fédération anarchiste communiste de Bulgarie (FACB) et à la publication à partir du 15 juin 1919 d’une nouvelle série de Probouda. Arrêté en 1922 par les fascistes, il parvenait à s’évader de prison. Après le coup d’État fasciste de juin 1923, il était une nouvelle fois arrêté et après s’être évadé se réfugiait à Istamboul où il allait travailler comme journaliste-correspondant de journaux étrangers.
Rentré en Bulgarie vers 1930-31, il était alors assez isolé et n’avait plus de contacts qu’avec de vieux amis de Sofia et quelques jeunes militants. Un projet de quotidien libertaire échouait en 1932 et l’isolait un peu plus du mouvement. Lors de la libération de la Bulgarie en 1944, il fut partisan de la formation de Conseils ouvriers. Le Parti communiste tenta alors de le récupérer, mais il refusa les honneurs et une pension offerte par le nouveau régime. Il collabora alors à la nouvelle série du journal Rabotnitcheska Missal (Pensée Ouvrière, Sofia, n°1, octobre 1944) edité par la FACB et demanda la libération des anarchistes emprisonnés par les communistes. Trop malade pour pouvoir rédiger ses mémoires, comme le lui demandait le mouvement libertaire, Michel Guerdjikov est mort à Sofia le 18 mars 1947 où ses funérailles furent la dernière grande manifestation des anarchistes bulgares sous la dictature communiste, réunissant plusieurs milliers de personnes.