Militant anarchiste pragois, Karel Auer était marié avec Marie Říhová, (née le 17 février 1878 à Mrchojedy près d’Uhlířské Janovice) avec laquelle il eut plusieurs enfants. Il était l’un des collaborateurs de Vilém Körber et acteur de premier plan du mouvement socialiste indépendant, comme s’appelait initialement la première génération d’anarchistes.
Il fut l’éditeur de la revue Volný duch (1894-1896).
Il participa à la Conférence des associations d’Omladina le 15 juillet 1894 à Tischau près de Teplice pous les anarchistes de Prague.

Il fut aussi membre de l’une des premières associations anarchistes « Discussion éducative » des ouvriers du bâtiment pour Žižkov et ses environs et membre de l’association éducative de Žižkovan.