Joseph Bonthoux s’était installé en 1872 à Lyon où il résida surtout dans le quartier de Montplaisir. D’abord républicain radical, puis socialiste collectiviste il participa aux débats contre la tendance « abstentionniste » des anarchistes avant de rallier finalement le groupe anarchiste lyonnais qui avait pris le contrôle de la coopérative Le droit social afin de publier le journal du même nom. Bonthoux collabora alors à ce journal puis à L’Etendard révolutionnaire (Lyon, 12 numéros et un supplément, 30 juillet au 15 octobre 1882) et ses articles furent édités en brochures (entre autres : La répartition des produits du travail —.Principes éternels de la propriété — Ce que sera la propriété individuelle sous le collectivisme — Menace à la bourgeoisie — Organisation de la propagande révolutionnaire — La Société au lendemain de la révolution)
En 1881 il fut condamné à 10 jours de prison pour « rébellion ». Il fut ensuite nommé gérant du Droit Social (Lyon, 24 numéros, 12 février au 23 juillet 1882) à partir du n°16 (28 mai) où il avait remplacé Louis Dejoux qui venait d’être condamné à un an de prison et s’était réfugié en Suisse.
Au printemps 1882, avec plusieurs autres compagnons — dont Crestin et Pautet notamment — il participait aux réunions de la Ligue pour les intérêts populaires (grève de l’impôt et des loyers) où blanquistes et anarchistes se disputaient la direction du mouvement.
Le 3 juillet 1882, suite à une réunion à La Croix Rousse avec Louise Michel et Rouanet à l’issue de laquelle le manifeste Mort aux voleurs, publié par le Groupe parisien de propagande anarchiste, avait été distribué, il était poursuivi et s’enfuyait à son tour alors à Genève. Le 16 août 1882, poursuivi avec Crestin gérant de L’Etendard révolutionnaire, il était condamné pour ces faits à 13 mois de prison et 2.000 f. d’amende, plus 2 ans de prison et 100 f d’amende (peines confondues) pour « provocation au meurtre, au pillage, à l’incendie et au vol ». Il travaillait alors comme ouvrier scieur dans une usine du quartier des Eaux-Vives. Lors du procès un avocat, Minard, avait accusé G. Garraud Valadier d’être un agent de la police secrète, ayant reconnu son écriture sur des rapports de police. Dès le lendemain, 17 août, un jury d’honneur formé de Bonthoux, Bayet et Michel, avait interrogé Minard qui avait avoué ne pas connaître Valadier ni son écriture ; le jury avait alors conclu qu’il n’y avait pas de fondement à l’accusation.
Un rapport de police de novembre 1882 le qualifiait comme « un ouvrier laborieux et intelligent, conduite régulière, moralité bonne, ancien officier de la territoriale ».
Suite aux violentes manifestations de Montceau-les-Mines et aux attentats commis à Lyon en octobre 1882, il était également impliqué dans le procès dit des 66 qui s’ouvrit à Lyon le 8 janvier 1883. Classé dans la deuxième catégorie des prévenus (voir Toussaint Bordat), il fut condamné par défaut le 19 janvier à 5 ans de prison, 2.000 f d’amende et 5 ans de privation de droits civils.
Bonthoux réapparut à Lyon en 1887, il avait alors évoluer vers le socialisme et participait à l’organisation d’un groupe d’études sociales pour participer aux élections municipales de 1888. Il adhéra ai POF en 1890, puis fut l’un des pionniers à Lyon du 1er mai au sein de la Fédération nationale des syndicats.
En novembre 1897, dans une lettre parue dans L’Aurore (2 janvier 1898), il innocenta Antoine Cyvoct qui avait été accusé d’avoir été l’auteur de l’article « Un bouge » paru dans Le Droit social du 12 mars 1882 et incitant à détruire le restaurant L’Assomoir, objet d’un attentat le 22 octobre suivant. Bonthoux assurait que Cyvoct n’avait pu être à Lyon, ayant couché chez lui à Genève à la veille de l’attentat et que l’auteur de l’article incriminé était « un nommé D., tisseur, alors apprenti dans l’imprimerie où se publiait Le Droit social ». Cyvoct qui avait été condamné à une très lourde peine de travaux forcés et envoyé au bagne de Nouvelle-Calédonie, ne fut amnistié qu’en 1898 après une campagne commencée en 1895 à l’initiative des jouranux anarchistes.
Oeuvre : — Menace à la bourgeoisie (1882).